Сергей Николаевич Шишкарев избран председателем вновь образованного Комитета Государственной Думы РФ по транспорту. Сергей Шишкарев был избран в Госдуму РФ V созыва по партийному списку «Единой России» от Краснодарского края 2 декабря 2007 года.
Создание отдельного Комитета Государственной Думы РФ по транспорту открывает новые возможности для углубленного осуществления законодательной работы на данном направлении. Успеху этой работы будут способствовать связи, налаживаемые Сергеем Шишкаревым в качестве координатора Партийного проекта «Транспорт объединяет Россию» («Единая Россия»).
Сергей Шишкарев — депутат Госдумы с 1999 года. Избирался в Государственную Думу РФ III созыва по одномандатному Новороссийскому, а в Государственную Думу РФ IV созыва — по одномандатному Туапсинскому избирательному округу (Краснодарский край). В Госдуме III созыва работал заместителем председателя Комитета Государственной Думы по международным делам. Входил в состав Комиссии Государственной Думы по государственному долгу и зарубежным активам. В Госдуме РФ IV созыва занимал должность заместителя председателя Комитета государственной Думы по энергетике, транспорту и связи.