Сергей Шишкарев избран председателем Межфракционного депутатского объединения (МДО) «Авиация и космонавтика России» и координатором депутатской группы «Авиация и космонавтика» в составе Межпарламентской группы РФ, сопредседателем которой является спикер Государственной Думы Борис Грызлов.
Подобные объединения и центры действуют в парламентах многих стран, включая Европарламент. Не подменяя работу фракций, комитетов и комиссий, эти структуры существенно дополняют формы и методы парламентской деятельности.
Благодаря активной и слаженной работе парламентариев, в российском парламенте практически выработан эффективный инструмент правовой и политической поддержки развития российской авиации и космонавтики, намечен курс на превращение России в один из мировых центров экономического влияния в этой области. В ходе реализации этого курса уже удалось решить ряд сложных и острых проблем, которые накапливались десятилетиями.
В программе МДО на 2008-2011 год, предусмотрено ускоренное развитие авиации и космонавтики за счёт совершенствования законодательной базы, повышение конкурентоспособности авиационной и космической отраслей экономики, наращивание экспортного потенциала, инвестиций, решение проблем социального развития, укрепление экономической мощи, обороноспособности и национальной безопасности страны. Новый председатель — Сергей Шишкарев намерен активно участвовать в осуществлении этих планов. Хорошим подтверждением этому стал проведенный 13 марта Комитетом Государственной Думы по транспорту круглый стол по проблемам авиации.